Институт остварује успешну сарадњу и са институтима у Републици Србији. То су пре свега институти који су по програмима истраживања компатибилни са Институтом за сточарство. Сарадња се остварује кроз рад на заједничким програмима и пројектима, а такође на докторским студијама. На овај начин се обезбеђује мултидисциплинарни приступ у решавању проблема савремене производње хране и едукације младих кадрова у науци.
Листа институција:
Институт за кукуруз – Земун Поље
Институт за ратарство и повртарство – Нови Сад
Институт за крмно биље – Крушевац
Институт за нуклеарне науке Винча – Београд
Институт за молекуларну генетику и генетско инежењерство – Београд
Научни институт за ветеринарство – Нови Сад
Научни институт за ветеринарство Србије – Београд
Институт за биолошка истраживања “Синиша Станковић” – Београд
Институт за хигијену и технологију меса – Београд и други.
Институт такође остварује успешну научну сарадњу са сродним факултетима у земљи (Пољопривредни факултет Београд-Земун, Пољопривредни факултет – Нови Сад, Пољопривредни факултет – Лешак, Агрономски факултет – Чачак, Пољопривредни факултет – Крушевац, Ветеринарски факултет – Београд, Природно-математички факултет, Крагујевац).