Institut ostvaruje uspešnu saradnju i sa institutima u Republici Srbiji. To su pre svega instituti koji su po programima istraživanja kompatibilni sa Institutom za stočarstvo. Saradnja se ostvaruje kroz rad na zajedničkim programima i projektima, a takođe na doktorskim studijama. Na ovaj način se obezbeđuje multidisciplinarni pristup u rešavanju problema savremene proizvodnje hrane i edukacije mladih kadrova u nauci.
Lista institucija:
Institut za kukuruz – Zemun Polje
Institut za ratarstvo i povrtarstvo – Novi Sad
Institut za krmno bilje – Kruševac
Institut za nuklearne nauke Vinča – Beograd
Institut za molekularnu genetiku i genetsko ineženjerstvo – Beograd
Naučni institut za veterinarstvo – Novi Sad
Naučni institut za veterinarstvo Srbije – Beograd
Institut za biološka istraživanja “Siniša Stanković” – Beograd
Institut za higijenu i tehnologiju mesa – Beograd i drugi.
Institut takođe ostvaruje uspešnu naučnu saradnju sa srodnim fakultetima u zemlji (Poljoprivredni fakultet Beograd-Zemun, Poljoprivredni fakultet – Novi Sad, Poljoprivredni fakultet – Lešak, Agronomski fakultet – Čačak, Poljoprivredni fakultet – Kruševac, Veterinarski fakultet – Beograd, Prirodno-matematički fakultet, Kragujevac).